Institut „Mihajlo Pupin” je organizacija sa sertifikatom ISO 9001. Poseduje razvijen standardizovan sistem, dobro definisane i proverene procedure i planove upravljanja koji se dosledno koriste u celom Institutu.
Od 2000. godine Institut „Mihajlo Pupin: Institut ima sistem upravljanja kvalitetom koji je usklađen sa međunarodnim standardom ISO 9001 (od juna 2018. ažuriran na ISO 9001:2015), koji je uspešno sertifikovan od strane domaćeg sertifikacionog tela IUKS i međunarodne udruženje IKNet.
U junu 2012. u Institut su uvedena dva nova standarda: ISO 14001 EMS – Sistem upravljanja zaštitom životne sredine (ažuriran na ISO 14001:2015 od juna 2018.) i ISO 45001 OH&SAS – Savetodavne usluge za zdravlje i bezbednost na radu (ažuriran sa ISO 244501 na ISO2:2015). jun 2019).
Institut je od juna 2018. godine usaglasio Sistem upravljanja društvenom odgovornošću sa preporukama standarda IKNet SR10:2015.
Politika integrisanog sistema menadžmenta i politika sistema upravljanja društvenom odgovornošću pokazuju trajno opredeljenje Instituta da ostane vodeća organizacija u regionu u oblasti visokih tehnologija i realizacije naučno-istraživačkih i razvojnih projekata.